Действие Anomaly: Warzone Earth 2 разворачивается на Земле в 2018 году, когда наша планета была захвачена инопланетными машинами. Человечество находится на грани вымирания, а выжившие объединяются в огромные конвои и занимаются поисками еды и припасов. В роли командира одного из конвоев вам и предстоит выступить.

В этой игре перед вами стоит задача спасения Земли от инопланетной атаки. Захватчики уже оккупировали крупнейшие города мира, построив огромные турели и разрушая всё на своем пути. На вас лежит ответственность за управление вооруженным отрядом, с которым вы пройдете через такие города, как Багдад и Токио, пытаясь грамотно спланировать пути наступления и выбирая нужные типы войск, чтобы разрушить укрепления врага. Станьте командиром, чьи специальные навыки и молниеносные решения станут основой поддержки вашего отряда в различных миссиях. Пройдите стремительную и напряженную кампанию или примите участие в двух будоражащих кровь режимах типа «Штурм отряда».